José Marques Garcia (1862-1942) foi um dos pioneiros do Espiritismo francano, em cujas atividades integrou-se em 1901. Apiedado da indigência e marginalização dos enfermos mentais em Franca, a partir de 1902 começou a levar um e outro à sua própria residência, prestando-lhes o auxílio e tratamento possíveis, desperto pelo sentido de caridade da doutrina que acabava de assumir e pelos próprios recursos de saneamento nela entreabertos.

Mais à frente, sentindo a necessidade e inspiração de aumentar e melhorar a assistência que vinha promovendo aos enfermos em sua residência, José Marques Garcia foi edificando algumas pequenas casas para abrigá-los. Daí originou-se em 19 de novembro de 1922, o Asilo Allan Kardec, na antiga Rua Irmãos Antunes, hoje Rua José Marques Garcia, no bairro Cidade Nova de Franca.
Em 15 de novembro de 1927 José Marques Garcia fundou o Jornal A Nova Era, cuja circulação logo se expandiu por todo o Brasil.
Era aquela uma atitude verdadeiramente pioneira, em Franca e no Brasil, haja visto que tal entidade psiquiátrica foi historicamente a segunda do nosso país, enquanto o Jornal A Nova Era se irmanava a poucos outros órgãos, surgindo também como atitude de vanguarda em tempos de difícil aceitação do Espiritismo.

Desde o início o afluxo de pacientes foi enorme, com proveniência de todo o Brasil e até do Exterior.
Aos 3 de outubro de 1933 a entidade adquiriu personalidade jurídica, passando a denominar-se Casa de Saúde Allan Kardec, adequando-se melhor às exigências dos setores de saúde e administração pública, inaugurando novos pavilhões para acolhimento de um número crescente de pacientes.
Com a desencarnação do Diretor José Marques Garcia em 1942, assumiu o senhor José Russo, mais efetivamente, as funções diretivas em que já vinha colaborando na Entidade. A partir daí o hospital ganhou ainda mais pavilhões e maior área global. Nesse período foi instalada ainda a Livraria A Nova Era, espalhando a mensagem veiculada pelo Livro espírita a todos os recantos do Brasil.
Com a expansão e a diversificação das atividades, bem assim para a obtenção de substanciais vantagens na isenção de numerosos tributos, a Entidade passou a denominar-se, a partir de 8 de dezembro de 1972, Fundação Espírita Allan Kardec, com as decorrentes implicações de vária ordem.
Com a desencarnação do Diretor José Russo em 22 de outubro de 1980, a Entidade passou a contar com a atuação do Senhor Dijalvo Braga na sua presidência, este que já vinha há décadas colaborando, até como partícipe de seu quadro diretor. O novo dirigente procurou adequar o Hospital às exigências dos sistemas de saúde vigentes, assinou importantes convênios com órgãos estatais e, através de um loteamento na Vila Allan Kardec, área pertencente à entidade, amealhou recursos para empreender substanciais reformas e construção de vários pavilhões e dependências.
Aos 21 de janeiro de 1995, afastando-se da presidência Dijalvo Braga, assumiu o cargo o senhor Antônio Alberto de Almeida, que deu continuação ao plano de reformas na planta física e na administração da Entidade.
Em 1º de fevereiro de 1995 assumiu a presidência o sr. Eurípedes Marini, que já vinha desempenhando, com eficiência, o cargo de tesoureiro, Procurou estabelecer as mudanças exigidas pela recessão econômica enfrentada pela Entidade e pelo país, conseguindo manter o necessário equilíbrio financeiro e adequar o Hospital às exigências do SUS (Sistema Único de Saúde), que passava a assumir a administração desse setor no país.
A partir de 18 de fevereiro de 1999 assumiu o cargo diretor maior da Entidade o Dr. Eliseu F. da Mota Júnior. Estabeleceu, desde o início, uma reformulação estatutária, procurando amoldar à realidade do momento a divisão departamental e do organograma da Fundação. Resgatando duas vertentes das origens e finalidades da Entidade, passou a dar-lhes ênfase prática e força jurídica, criando dois departamentos: o de Propagação Doutrinária e o de Auxílio Espiritual. Paralelamente, deu força necessária para a separação conceitual e prática ao Departamento Hospitalar.
Com o crescimento das atividades do complexo de instalações da Entidade, na gestão do Dr. Eliseu foram empreendidas substanciais modificações na sua planta física. O Departamento de Propagação Doutrinária ganhou espaço próprio, moderno e funcional para o Jornal, Livraria e Editora A Nova Era. O Departamento de Auxílio Espiritual também adquiriu seu próprio espaço: além do Centro Espírita José Marques Garcia, passou a contar com as salas de Fluidoterapia, de Desobsessão e de Pesquisa e Secretaria. Também o Departamento Hospitalar passou por expressivas reformas, que atingiram toda a sua parte frontal, passando a albergar inúmeras salas de todo o complexo administrativo, além de um anfiteatro para reuniões e palestras.
Ainda nessa gestão do Dr. Eliseu, destaquemos a criação da Clínica Terapeutica Nova Era, destinada à cura de dependentes químicos, e o SINAPSE (Serviço de Integração Psico-socio-educacional).
No âmbito das reformas internas, salientamos a completa reinstalação da cozinha do Hospital.
Foi reformada uma área no pavilhão frontal superior da Fundação, num total de 450 m², passando a abrigar atualmente os setores: Departamento de Recursos Humanos, Departamento de Segurança do Trabalho, Contabilidade, Financeiro, Compras, Informática, Presidência, Gerência Administrativa, Sala de Estudos e Evangelização, Sala de Reuniões e um Auditório com capacidade para 100 pessoas. Os mencionados setores e sub-departamentos estavam esparsos em várias áreas dentro da Fundação, ganhando agora maior funcionalidade sob um agrupamento racional.
Na parte inferior do mesmo prédio frontal da Entidade foi amplamente reformada e aumentada a Recepção do Hospital, ora integrando num só corpo as salas de Assistência Social, do Diretor Clínico e Diretor Técnico, do Vice-Presidente e de Reuniões.
Ainda na parte inferior foi criada e concretizada a entrada independente ao Departamento de Propagação Doutrinária, englobando a recepção da Livraria, da Editora e do Jornal A Nova Era, tudo efetivado dentro da mais alta técnica de construção civil, propiciando um ambiente agradável e acolhedor, tanto ao público quanto aos funcionários.
Outra reforma importante efetuada foi aquela integrando o Departamento de Assistência Espiritual às suas várias atividades e sub-departamentos. Assim, ganhou visual moderno e funcional o Centro Espírita “José Marques Garcia”, com capacidade para 200 pessoas, bem como a Sala de Desobsessão, a Sala de Fluidoterapia e a Sala de Som.
Foi iniciada recentemente a reforma da Intercorrência Masculina, local do Hospital onde são efetuados os primeiros atendimentos médicos aos pacientes surtados. A área total desse pavilhão de Intercorrência abrange 300 m2, Sua reinauguração, apresentando o novo visual com grande funcionalidade e modernidade, está prevista para a segunda quinzena de maio de 2002.
A Fundação possui 8.000 m² de área construída, com amplos páteos para recreação, campo de futebol gramado e cercado. A área total abrange 4 alqueires de terra, proporcionando a pacientes e funcionários uma grande amplitude num local agradável e aconchegante, com muita área verde e de deambulação.